クリアしないと駄目みたいです。
セーブデータは２個あるとすると、まだクリアしてないデータが片方に保存してある状態で、もう片方のデータでクリアする事で、クリアしてないデータでも金剛神界に行けるようになるんだと思います。

＞まるふ研究所さんのご解答を転載します

　金剛神界への行き方ですが、クリアしないと駄目です。
正確には、クリアした時点でのセーブデータに対してフラグが立ちます。
従って、ゲームをクリアしてからニューゲームを始めた場合は、そのデータでは金剛神界への扉は開かれていません。
しかし、ニューゲームを初めて一度ゲームをセーブし、もう片方のセーブデータでゲームクリアすると、まだ、ジムで世話になっている癖に、金剛神界への扉が開かれてしまいます。
当然、エデンでセーブしている場合、新宿に行けませんので、そのデータからは金剛神界に行けません。
若し、もう片方のデータがクリア直前のまま、置いているのであれば、そちらでクリアしてしまいましょう。